La struttura organizzativa di Acquedotto Pugliese comprende: l'Assemblea dei soci, il Comitato di coordinamento e controllo, il Consiglio di Amministrazione, il Collegio Sindacale, la Società di Revisione e l'Organismo di Vigilanza. Il CdA si occupa di svolgere e indirizzare le attività d'impresa e di realizzare le decisioni dell’Assemblea dei soci.